洁净工作台利用风机把空气吸到空气过滤器中，然后经过静压箱之后，来到高效过滤器过滤空气杂质。之后把干净的空气送到操作间，实现空间的洁净度，保障整个空间的洁净需求。
而生物安全柜则是一种空气负压设施，有些时候实验过程中会出现一些危险性或者是未知的生物微粒产生散逸的情况，这种设备就是防止这些物质扩散到空气中。
分类上的区别：
洁净工作台主要有两种水平层流以及垂直层流。同时也会根据操作结构或者是用途分类。
生物安全柜在分类上面则是根据NSF49标准来分类，一般是p1~p4**。
用途上的区别：
洁净工作台主要是为无尘环境带来洁净空气的设备。在医药卫生、生物制药、食品以及实验室等地方使用广。在很大程度上面这种设备可以改善生产工艺的环境条件，提升产品质量等。
